Shinichi Kudo non è l'unico a dare la caccia all'organizzazine degli uomini vestiti di nero: infatti, sulle loro tracce c'è anche il Federal Bureau of Investigation americano, meglio noto per la sua sigla, FBI. A differenza dei MIB non compaiono fin dall'inizio di Detective Conan, ma fanno il loro ingresso più tardi con il procedere della trama. Non si conoscono i motivi per cui essa sta dando la caccia ai membri dell'organizzazione: sappiamo però che sia Jodie Starling che Akai Shuichi hanno dei motivi personali per volerne la morte.
Primi incontri
La prima comparsa dell'FBI nel popolare manga di Gosho Aoyama accade con l'arrivo di una nuova insegnante d'inglese al liceo Teitan: il suo nome è Jodie Saintemillion e, da quanto ci viene permesso di capire, si è trasferita in Giappone per motivi di lavoro. Parla spesso con un forte accento americano ed è una patita di videogiochi: infatti, il primo caso in cui compare la troviamo intenta a giocare in una sala giochi giapponese. Non sono chiare subito le sue posizioni: nell'epilogo, infatti, parla al telefono con un membro ignoto e pronuncia frasi piuttosto ambigue, tra le quali "It's time to pick up the rotten apple" e "l'ho trovato alla scuola elementare Teitan" che lasciano pensare alla coincidenza del suo personaggio con quello di Vermouth, che conosciamo già dai tempi di Incontro Indesiderato.
Shuichi Akai
Successivamente fa la sua comparsa un altro membro dell'FBI, caratterizzato da una entrata in scena molto misteriosa: infatti compare ripetutamente nell'episodio del dirottamento dell'autobus e in quello dell'uomo di Chicago; inoltre, appare anche nell'episodio di "Abbreviazioni frettolose" e lo si nomina in "Il delitto di San Valentino". Il suo nome è Shuichi Akai: si sa di lui solo con l'episodio di Golden Apple. Infatti, Ran lo incontra sotto la piogga: le viene intimato di andarsene velocemente dal luogo in cui si trovava assieme a Shinichi a causa della presenza di un pericoloso killer, che si rivelerà poi essere Vermouth. Akai Shuichi riesce anche a ferire con un proiettile Bermotto, tuttavia questa si salva. Egli viene considerato da Vermouth, in un primo momento, il silver bullet che distruggerà l'organizzazione.
L'uomo di Chicago
Un terzo membro dell'FBI fa la sua apparizione nell'episodio conosciuto in Italia come "l'uomo di Chicago": egli è infatti in Giappone con la copertura di un anziano signore venuto appositamente dall'America per acquistare alcuni souvenir. Questi viene coinvolto in un caso di sequestro di persona per errore e viene salvato da Conan e dalla polizia giapponese; dopo che gli agenti hanno fermato i rapitori, però, scompare nel nulla. Nell'epilogo lo vediamo in un furgone blu scuro alla cui guida c'è Shuichi Akai: è in questa occasione che ne scopriamo il nome. I due sembrano tramare qualcosa, ma non è chiaro cosa: Conan, infatti, considera ormai Akai un uomo dell'organizzazione nera e pertanto lo teme.
Episodio 345
L'FBI si svela completamente solo nell'episodio 345: infatti, vengono smontate le possibilità che Jodie Saintemillion (vero nome Jodie Starling, agente FBI) e Sharon Vineyard/Chris Vineyard (Vermouth) siano la stessa persona. Quest'ultima ha infatti ucciso i genitori della prima, membri dell'FBI, ed ha distrutto in un incendio tutti i documenti che la riguardavano. Per questo motivo, Jodie ha seguito le orme di suo padre per vendicarne la morte e porre fine all'organizzazione nera. Il piano organizzato da Jodie però fallisce a causa della forte somiglianza tra questa e Vermouth, che aveva precedentemente ordinato agli agenti FBI nascosti tra le mura del porto di tornarsene a casa perché il giorno dell'attacco non era quello. Tuttavia, quando Bermotto sembra avere la meglio, entra in scena Shuichi Akai che riesce a capovolgere la situazione: spezzando entrambe le gambe a Calvados, il cecchino nascosto sul tetto, da il tempo a Jodie di rifugiarsi in una posizione in cui non possa essere colpita dalle pallottole della pistola di Vermouth. Entra in scena anche Ran, che Chris Vineyard chiama Angel, la quale riesce a salvare Ai Haibara da morte certa. Bermotto riesce comunque a fuggire, mentre Calvados si toglie la vita; Shuichi Akai scompare prima che arrivi la polizia giapponese ordinando a Jodie di comunicare ai poliziotti di essersi imbattuta in un caso di sequestro di persona a danni di minori.
Episodio 425
In questo episodio, in cui fanno la loro comparsa i tre nuovi MIB Kir, Chianti e Korn, l'FBI ha un ruolo importantissimo: lo testimonia anche la presenza in forze di tutti e tre gli agenti conosciuti supportati da una schiera di colleghi di cui non è dato sapere il nome. Il piano dell'organizzazione è di sbarazzarsi di un politico sfruttando come scusa un'intervista organizzata da Kir sotto le mentite spoglie dell'annunciatrice televisiva Mizunashi Rena: sono soprattutto Conan e Shuichi Akai ad avere l'intuizione giusta per fermare i MIB, anche se giocano un ruolo importante anche James Black e Jodie Starling. E' sempre Shuichi Akai che, sul tetto dell'edificio posizionato di fronte alla casa di Kogoro Mouri, ferisce con una proiettile sparato con il proprio fucile Gin, situato sul tetto dell'edificio opposto. Questo costringe gli uomini dell'organizzazione nera a ripiegare per evitare uno scontro a fuoco in forze con tutta l'FBI e la polizia giapponese.
File 595+
L'organizzazione nera ha scoperto che Mizunashi Rena, dopo l'incidente dell'episodio 425 in cui era rimasta in coma, è stata nascosta dall'FBI nell'ospedale di Haido City. L'FBI però non deve affrontare soltanto i MIB, questa volta: infatti sulle tracce di Kir sembrano esserci anche la Central Intelligence Agency americana ed Eisuke Hondou, figlio di Ethan Hondou, un membro sotto copertura della CIA ucciso in uno scontro con gli uomini in nero. Shuichi Akai riesce a scoprire l'identità della spia che l'organizzazione nera aveva infiltrato nell'ospedale con lo scopo di scoprire la stanza in cui si trovava Mizunashi Rena; tuttavia, questo si suicida. Gli uomini in nero cominciano a spedire una raffica di bombe ad orologeria all'ospedale e organizzano tre incidenti contemporaneamente per mandare in tilt il sistema ospedaliero e impedire all'FBI di tenere d'occhio la stanza di Kir: inoltre, fanno apparire un video falsificato di Mizunashi Rena alla TV, la qual cosa fa precipitare tutti gli agenti dell'FBI nella stanza della sorvegliata. Gli agenti dell'FBI avevano ricevuto ordine di raccogliere tutte le bombe dislocate nell'ospedale: nel vedere la loro protetta in TV, però, si precipitano nella sua stanza, dimenticandosi di indossare le ricetrasmittenti che erano nascoste nelle bombe. Grazie a quello che sembra un errore, l'organizzazione nera riesce a identificare la stanza in cui si trova la Mizunashi.
Sulla scena si presenta inoltre un nuovo personaggio: il suo nome è Andre Camel, ed è un ambiguo agente dell'FBI che aiuta Jodie a sbarazzarsi delle bombe ma che poi, improvvisamente, sembra tradire i propri colleghi dando all'insegnante d'inglese un pugno nello stomaco. Shuichi Akai, Conan e James Black mettono in atto il piano B: fingono di voler trasportare Rena in un altro ospedale per depistare gli uomini in nero. Tuttavia Gin, a capo di una nutrita schiera di MIB, riesce a individuare l'automobile che trasporta il prezioso carico: improvvisamente Rena si risveglia e tramortisce Camel, tornando dai suoi colleghi. L'auto esplode, ma Camel scampa miracolosamente all'esplosione: da una comunicazione che tiene con Akai si scopre che fa tutto parte di un piano dell'FBI. Questi, infatti, aveva scoperto assieme a Conan che Mizunashi Rena era in realtà Hidemi Hondou, cioè la sorella di Eisuke Hondou, figlia di Ethan Hondou e infiltrata nell'organizzazione nera per conto della CIA e le aveva proposto di ritornare a far parte dei MIB sotto copertura, stavolta, dell'FBI. Non si sa ancora di preciso il proseguo della vicenda, né quali siano con esattezza le intenzioni di Akai: tuttavia, sappiamo che questi nutre un profondo rancore nei confronti di Gin, il quale era stato il suo maestro quando si trovava nelle schiere dell'organizzazione sotto copertura per l'FBI, il quale aveva ucciso la sua fidanzata Akemi Miyano, sorella di Shiho Miyano, dopo il caso del furto alla banca.
