L'organizzazione degli uomini vestiti di nero, comunemente noti come Men in Black (MIB), è un'organizzazione criminale i cui scopi non sono ancora ben chiari. Ha affiliati in tutto il mondo e ne fanno parte eminenti esponenti della politica, del teatro, del cinema, della scienza e della tecnologa giapponese. Per questo motivo è alla costante ricerca di nuove promettenti menti in questi campi.
Tutti i suoi componenti sono rigorosamente vestiti di nero ed ognuno di essi ha un suo nome in codice, costituito dal nome di una bevanda alcolica.
In Detective Conan, fa la sua comparsa nel primo episodio: sono infatti due suoi membri, Gin e Vodka, a far assumere al detective liceale Shinichi Kudo l'APTX4869, una misteriosa sostanza messa a punto dai ricercatori dell'organizzazione che dovrebbe essere in grado di uccidere chiunque senza lasciare tracce di sé: su Shinichi però ha un effetto diverso, riportandolo ad uno stato infantile.
Proseguendo nella lettura del manga, si scopre che l'organizzazione effettua periodicamente dei controlli a casa Kudo: durante una di queste spedizioni la giovane scienziata inventrice del veleno, Shiho Miyano, scopre che i vestiti di quando il detective era bambino sono scomparsi. Tuttavia, pur supponendo che sia regredito ad uno stato infantile, dichiara nel registro dell'organizzazione che Shinichi Kudo è deceduto.
Primi incontri
Conan entra di frequente in contatto con l'organizzazione degli uomini vestiti di nero. Dopo l'assunzione dell'APTX4869 incontra uno di loro, nome in codice Tequila, ad un convegno degli sviluppatori della Mantendo. Tuttavia, quest'uomo viene ucciso per uno scambio di persona a causa dell'esplosione di una valigetta non destinata a lui. Conan pensa di poter rintracciare i Men in Black indagando nel bar dove avevano luogo le trattative, ma esso esplode prima che possa raggiungerlo.
La rapina in banca e l'arrivo di Haibara
Conan rientra in contatto con gli uomini dell'organizzazione grazie a Masami Irota, falso nome di Akemi Miyano, sorella della scienziata Shiho Miyano. Essa era stata incaricata di compiere una rapina ad una banca ma, nonostante avesse portato a termine con successo l'operazione, fu eliminata per mano di Gin e Vodka.
Questo avvenimento pone le basi per un successivo, fondamentale proseguo della trama: nella scuola elementare Teitan si presenta infatti Ai Haibara, che altri non è se non Shiho Miyano, la quale aveva assunto il veleno da lei stessa creato per sfuggire alle mani dell'organizzazione dopo il suo tradimento. Ella si pone sotto la protezione dello scienziato Hiroshi Agasa, il quale aveva già aiutato il suo amico Shinichi Kudo dopo che questi era diventato Edogawa Conan.
Incontro indesiderato
Ai Haibara e Conan entrano in contatto nuovamente con l'organizzazione in questo episodio. Sulla via di ritorno a casa, infatti, vedono la Porsche 356A nera di Gin e Vodka: tramite una microspia che piazzano su di essa, scoprono che hanno intenzione di uccidere un eminente uomo politico ad una festa a cui saranno presenti altri importanti personaggi. I due uomini in nero però si accorgono della trasmittente e intuiscono che ci sia la mano di Sherry. Conan e Ai decidono di partecipare alla festa: questa però viene rapita per mano di Pisco, il quale ha scoperto che è in realtà Shiho Miyano. Ella riacquista le sue sembianze di diciassettenne bevendo del Paikal e riesce a fuggire sul tetto del locale, dove però la stanno aspettando Gin e Vodka che non sanno della sua regressione allo stato infantile: Conan riesce comunque a metterla in salvo. Pisco viene ucciso per mano di Gin poiché aveva fallito il piano e quindi l'identità di Haibara rimane nascosta all'organizzazione. Nell'episodio appare anche una nuova MIB, Vermouth (Bermotto), che è in realtà la famosa attrice statunitense Sharon Vineyard.
Episodi intermedi
Sharon Vineyard ricorre di tanto in tanto assieme a Gin e Vodka in episodi importanti che Mediaset sta trasmettendo in questo periodo (aprile 2007): tra di essi è importante ricordare "Abbreviazioni frettolose", in cui Vermouth spedisce una email a Gin e da segno di aver preso di mira Sherry, Conan e Ran.
In un flashback, inoltre, si scopre come Shinichi e Ran fossero venuto in contatto con Vermouth senza rendersene conto un anno prima dell'inizio della storia, a New York, quando i due avevano salvato Bermotto (sotto i panni di un serial killer) da morte certa.
Episodio 345
Questo è un episodio essenziale per il proseguo della trama. Infatti, vengono smontate le possibilità che Jodie Saintemillion (vero nome Jodie Starling, agente FBI) e Sharon Vineyard/Chris Vineyard (Vermouth) siano la stessa persona. Quest'ultima ha infatti ucciso i genitori della prima, membri dell'FBI, ed ha distrutto in un incendio tutti i documenti che la riguardavano. Nel corso dell'episodio si scopre come Sharon e Chris Vineyard non siano madre e figlia, ma siano in realtà la stessa persona: Vermouth, inoltre, ha scoperto che Ai Haibara è Sherry ed è intenzionata ad ucciderla, poiché nutre per lei ed i suoi genitori un odio profondo, forse derivato dal fatto che erano stati i responsabili della creazione della sostanza che le impediva di invecchiare esteriormente.
L'azione di Vermouth viene sventata da Akai Shuichi, un altro membro dell'FBI, e da Conan, che riescono a mettere in salvo Haibara. Si scopre anche che Bermotto è a conoscenza della vera identità di Conan, ma nutre per lui una sorta di ammirazione, ragion per cui tace ai propri superiori questi particolari ed acconsente tacitamente a non fare del male a Sherry.
Episodio 425
Altro special essenziale. In questo episodio fanno la loro comparsa tre nuovi MIB: Kir (nome in codice dell'annunciatrice televisiva Mizunashi Rena), Chianti e Korn. L'obiettivo stavolta è sbarazzarsi di un politico candidato alle future elezioni: la prima fase del piano è attirare il bersaglio in un parco con la scusa di un'intervista per Mizunashi Rena, per poi ucciderlo grazie ai colpi in contemporanea dei due cecchini Chianti e Korn. Conan, grazie al supporto dell'FBI, riesce a sventare il piano: l'organizzazione tuttavia non rinuncia al suo obiettivo e decide di tendere una trappola all'auto che trasporta il politico. La situazione però si complica: Gin è infatti convinto che Kogoro Mouri sia a conoscenza di preziose informazioni sugli uomini vestiti di nero e decide di ucciderlo. Shuichi Akai riesce a mandare in fumo entrambi i progetti e nel frattempo, Kir rimane coinvolta in un incidente automobilisto alla guida della sua moto a causa del quale finisce in coma.
File 595+
L'organizzazione nera ha scoperto che Mizunashi Rena è nascosta nell'ospedale di Haido City. Tuttavia, gli uomini in nero non sono gli unici a darle la caccia: pare infatti che sulle sue tracce ci sia anche Eisuke Hondou, un compagno di classe di Ran, e la Central Intelligence Agency americana. Il padre di Eisuke, Ethan Hondou, era infatti un membro della CIA prima di essere ucciso da Kir, la quale era stata torturata. L'FBI piazza i suoi uomini alla guardia di ogni stanza e individua tre possibili infiltrati dell'organizzazione nell'ospedale: riesce a capire uale di loro sia la spia, ma quest'ultimo si toglie la vita. Gli uomini in nero cominciano a spedire una raffica di bombe ad orologeria all'ospedale e organizzano tre incidenti contemporaneamente per mandare in tilt il sistema ospedaliero e impedire all'FBI di tenere d'occhio la stanza di Kir: inoltre, fanno apparire un video falsificato di Mizunashi Rena alla TV, la qual cosa fa precipitare tutti gli agenti dell'FBI nella stanza della sorvegliata. Ciascuno degli agenti aveva raccolto una bomba senza sapere che vi erano attaccate delle ricetrasmittenti: grazie a questo trucco, l'organizzazione scopre la stanza di Kir. Sulla scena si presenta inoltre un nuovo personaggio: il suo nome è Andre Camel, ed è un ambiguo agente dell'FBI che aiuta Jodie a sbarazzarsi delle bombe ma che poi, improvvisamente, sembra tradire i propri colleghi dando all'insegnante d'inglese un pugno nello stomaco. Shuichi Akai, Conan e James Black mettono in atto il piano B: fingono di voler trasportare Rena in un altro ospedale per depistare gli uomini in nero. Tuttavia Gin, a capo di una nutrita schiera di MIB, riesce a individuare l'automobile che trasporta il prezioso carico: improvvisamente Rena si risveglia e tramortisce Camel, tornando dai suoi colleghi. L'auto esplode, ma Camel scampa miracolosamente all'esplosione: da una comunicazione che tiene con Akai si scopre che fa tutto parte di un piano dell'FBI. Si scopre anche, grazie a un flashback, che Mizunashi Rena è in realtà la sorella scomparsa di Eisuke Hondou e la figlia dell'agente CIA Ethan Hondou che aveva sempre lavorato per gli uomini in nero sotto copertura.
Non si conoscono ancora altri dettagli sulla vicenda poiché Gosho non ha ancora terminato di scriverla.